Haren zijn opgebouwd uit het eiwit keratine. Keratine is kleurloos. Pigmenten voegen de kleur toe (figuur 4).

Zoogdieren hebben maar twee basispigmenten: eumelanine (zwart) en pheomelanine (rood). De geselecteerde genen beïnvloeden de kleurpigmenten. Dit kan door het pigment zelf te bewerken of door de verdeling over de haren of over het lichaam.

Bijschrift tabel 1: 
* De verdunning van zwart wordt eigenlijk blauw(achtig). De gebruikte kleuring (zilver) is een vereenvoudiging van de daadwerkelijke genetica. We hebben het gen B (Black) buiten beschouwing gelaten. Dit gen maakt kleuren mogelijk zoals chocolade, cinnamon, lilac, en fawn. Vervolgens kan elk van deze kleuren weer verdund (D=dense) worden. Zo zijn er nog enkele genen betrokken bij de uiteindelijke vachtkleur.
** In deze module zijn de genen (T) patroon 1 en (M) patroon 2 gekoppeld. In werkelijkheid is dit niet het geval.

Het gen voor de basiskleur: rood, zwart of roodzwart

Dit gen heeft invloed op de vorming van de kleurpigmenten. Het gen dat zorgt dat de basiskleur van een kat rood of zwart wordt ligt op het X-chromosoom. De allelen van dit gen noteren we zo: X^Z en X^R
Een kat met X^Z X^Z heeft een zwarte vacht en is een vrouwtje.
Een kat met X^R Y heeft een rode vacht en is een mannetje.

Witte vlekken (Spots) (S):

Dit gen geeft aan of een kat witte vlekken heeft op de borst en op de poten (S). Een kat zonder witten vlekken heeft ss. Een kat met Ss heeft witte vlekken. Het is niet bekend hoe dit gen werkt.

 Verdunning (Dense) (D):

 Dit gen geeft aan of een kat een verdunning van de basiskleur heeft. Een zwarte vacht wordt bijvoorbeeld zilver of grijsachtig. Een rode vacht wordt crème-kleurig. Een kat met D heeft geen verdunning, een kat met dd wel. Dit gen codeert voor een transporteiwit. Dit eiwit zorgt voor de verdeling van pigment over de haren.

 Mackerel (M):

 Het gen Mackerel bepaalt wélk patroon er in de vacht zit: gestreept als een makreel (M) of gevlekt (blotched) (mm). Dit gen codeert voor een eiwit dat actief is in de cellen die haren maken. Dit gen geeft aan hoeveel pigmenten er naar een haar moeten gaan.

 Tabby (T):

 Dit gen geeft aan of er een patroon in de vacht zit (T) of dat de vacht effen is (tt). Het gen Tabby regelt of het gen Mackerel tot uiting komt in het fenotype! Dit gen codeert voor een eiwit dat andere eiwitten stuk kan maken. Hoe dit precies leidt tot een getekende of effen vacht is niet bekend.